സിസ്റ്റൈൻ ചാപ്പൽ മാർപാപ്പയുടെ ഔദ്യോഗിക വസതിയായ അപ്പോസ്തോലിക് കൊട്ടാരത്തിലെ ഒരു ദേവാലയമാണ്. യഥാർത്ഥത്തിൽ കാപെല്ല മാഗ്ന എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഈ ചാപ്പൽ 1473-നും 1481-നും ഇടയ്ക്ക് പുനഃസ്ഥാപിച്ച സിസ്റ്റസ് നാലാമൻ മാർപ്പാപ്പയുടെ പേരിലാണ് അറിയപ്പെടുന്നത്. അന്നുമുതൽ പുതിയ മാർപ്പാപ്പയെ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്ന പ്രക്രിയയാണ് സമ്മേളനമായ കോൺക്ലേവ് നടക്കുന്നത് സിസ്റ്റിൻ ചാപ്പലിലാണ്. സിസ്റ്റൈൻ ചാപ്പലിന്റെ പ്രശസ്തി പ്രധാനമായും ഇന്റീരിയർ അലങ്കരിക്കുന്ന ചിത്രങ്ങളുടെ പേരിലും പ്രത്യേകിച്ചും സിസ്റ്റൈൻ ചാപ്പൽ സീലിംഗും മൈക്കലാഞ്ചലോയുടെ അവസാന വിധിദിനം എന്ന പൈന്റിങിൻറെ പേരിലുമാണ്.